Фамилия Исаканова — вариант женской формы от мужской Исаканов, и её разбор стоит начать с суффикса. Модель образования здесь не самая распространённая: к основе на -а добавлен суффикс -нов, а не более привычный -ов. Это указывает на то, что исходное имя или прозвище Исакан заканчивалось на -а, и при стяжении гласных возникла форма Исаканов, а не Исаканов. Такое явление встречается в тюркских фамилиях, где основа могла быть заимствована из арабского или персидского через тюркское посредничество.

Корень фамилии — Исак, вариант библейского имени Исаак (в русской традиции Исаакий). В тюркской среде, особенно у татар, башкир, казахов, имя Исак (или Ысак) было распространено, и от него образовывали патронимы с уменьшительным аффиксом -ан: Исакан — «маленький Исак» или «сын Исака». Таким образом, Исаканов — буквально «потомок Исакана». Фамилия типична для регионов Поволжья, Урала и Средней Азии, где тюркские народы смешивались с русской административной системой, закреплявшей фамилии по отцу.

В русском контексте фамилия могла появиться при крещении татарских или башкирских мурз, когда им давали фамилию по имени отца с русским окончанием. Однако суффикс -нов (а не -ов) выдаёт, что процесс шёл не по строгому великорусскому шаблону, а с местными особенностями: тюркское -ан не отбрасывалось, а наращивалось. Это делает фамилию Исаканова хорошим примером того, как межэтническое взаимодействие оставляло след в словообразовании.

Однокоренные фамилии — Исаков, Исакин, Исакаев — различаются по суффиксам, но все восходят к тому же имени Исак. Исаканов стоит в этом ряду особняком: он указывает на двойную патронимическую цепочку (Исак → Исакан → Исаканов), что редкость. Если предок носителя был Исаканом, то его отца звали Исаком, и фамилия фиксирует три поколения в одной основе.

Сословно фамилия не привязана к дворянству или духовенству — скорее всего, её носили крестьяне или мещане из тюркоязычных губерний. Встречаемость в современных базах данных невысокая, что говорит о локальном бытовании, возможно, в Татарстане, Башкортостане или Оренбургской области. Никаких громких исторических личностей с такой фамилией не зафиксировано, но это не умаляет её ценности как маркера этнической и языковой границы.