Фамилия Исакаева — женская форма фамилии Исакаев, и её происхождение напрямую связано с мужским личным именем Исаак, широко распространённым в среде крещёных народов Поволжья и Кавказа. В отличие от многих русских фамилий на -ов/-ев, которые образуются от полных форм имён (Исааков), здесь мы видим усечённую основу Исак (с отпадением второго «а»), что характерно для тюркских и финно-угорских языковых традиций. Суффикс -ев указывает на принадлежность: «сын Исака», то есть потомок человека по имени Исак.

Имя Исаак (древнееврейское «он засмеётся») пришло на Русь вместе с христианством, но в народной среде быстро адаптировалось: в быту библейского Исаака чаще называли Исаком. Такая форма закрепилась у татар, башкир, чувашей, марийцев и у некоторых групп русских, живших в иноязычном окружении. Поэтому фамилия Исакаева (и её мужской вариант Исакаев) — яркий маркер региона: она почти не встречается в центральных русских областях, зато обычна в Татарстане, Башкортостане, Удмуртии, а также среди казанских татар и кряшен.

Интересная деталь: в некоторых документах XIX века фамилию могли записать как Исакова или Исакиева, но форма Исакаев (а значит, и Исакаева) отличается тем, что в основе лежит не полное, а именно разговорное имя Исак. Это говорит о том, что предок носителя фамилии был крещёным человеком (скорее всего, из татар-кряшен или чувашей), а не просто русским крестьянином — социальный слой здесь прослеживается точнее, чем по суффиксу.

Встречается также версия, что фамилия могла произойти от прозвища Исак, связанного с тюркским словом «ысак» (жаркий, горячий), но она менее убедительна: имя Исаак в его библейском значении было настолько распространено, что привлекать тюркскую лексику нет необходимости. Правдоподобнее считать, что перед нами типичный случай, когда каноническое имя обросло региональным произношением и дало фамилию, чётко привязанную к определённой этнической и географической среде.