Фамилия Исабаева образована от восточного мужского личного имени Исабай, которое восходит к двум тюркским словам: «иса», что в переводе на русский язык означает «милость божья» и «бай», то есть «богатый землевладелец, скотовод или торговец в Средней Азии или Казахстане». Вероятно, нарекая ребенка таким именем, родители желали, чтобы их сын рос счастливым, крепким, здоровым мальчиком. Процесс формирования фамилий был достаточно длительным, поэтому окончательно говорить о точном месте и времени возникновения рода Исабаевых можно лишь на основании генеалогических исследований.