Фамилия Исабаевы происходит от тюркского мужского имени Исабай. Это имя составное: первая часть, «Иса», восходит к арабскому слову со значением «милость Божья», а вторая, «бай», в тюркских языках означала «богатый человек», «хозяин», «господин». В дореволюционной Средней Азии и Казахстане «баем» называли крупного землевладельца, скотовода или купца. Нарекая сына Исабаем, родители желали ему одновременно божественного покровительства и земного достатка.

По своей словообразовательной модели фамилия Исабаевы — типичная для тюркских народов. Русский суффикс -ев присоединился к основе Исабай, когда имя попало в русскую официальную среду. Так фамилия закрепилась в документах и стала передаваться по наследству.

Корни фамилии уходят в XV–XVII века, когда тюркские имена активно проникали в русскую антропонимию. Это было связано с тем, что выходцы из Золотой Орды, а также потомки печенегов и половцев поступали на русскую службу. Многие из них принимали православие, но сохраняли родовые имена, которые затем превращались в фамилии. Поэтому Исабаевы — одна из тех фамилий, которые напоминают о сложных многовековых связях восточных и славянских культур.

В отличие от многих фамилий на -баев, которые встречаются у татар, башкир и народов Кавказа, фамилия Исабаевы чаще всего фиксируется у казахов. Встречаются и варианты написания — Исабаев, Исабаевы, а также форма Исабай. Несмотря на восточное происхождение, фамилия органично вписалась в русскую фамильную систему и сегодня не воспринимается как чужеродная.