Фамилия Исаканян — типичный пример армянской модели образования фамилий. Её основа — личное имя Исаак, которое в армянской огласовке звучит как Исак или Исакян, а с прибавлением уменьшительного суффикса -ан- и фамильного окончания -ян даёт Исаканян. Буквально: «потомок маленького Исаака» или «из рода Исаака».

Суффикс -ан- в армянских фамилиях выполняет ту же роль, что русские -ов или -ин: он указывает на принадлежность к роду. Форма Исаканян, а не более привычное Исакян, говорит о том, что имя-основа было не просто Исак, а Исака — с усечённым окончанием, характерным для разговорной или диалектной речи. Такое удлинение основы — не редкость в армянской ономастике: например, Даниелян от Даниел, а не от Дан.

Имя Исаак (еврейского происхождения, означает «он засмеётся») пришло в армянскую традицию вместе с христианством. Поэтому фамилия Исаканян встречается не только в Армении, но и среди армянских общин диаспоры — в России, Грузии, Иране. Географически она чаще фиксируется в регионах исторической Западной Армении (ныне восток Турции) и в Сюнике, хотя точных статистических данных по расселению нет.

В русском языке фамилия Исаканян склоняется по общему правилу для армянских фамилий на -ян: мужская — Исаканян, Исаканяна, Исаканяну и т.д., женская — не склоняется. Ударение, судя по произносительной норме, падает на последний слог: Исаканя́н.