Фамилия Исаханян — армянская по происхождению. Её основа — библейское имя Исаак. В древнееврейском оно означает «смеющийся»: согласно Ветхому Завету, Сарра рассмеялась, услышав пророчество о рождении сына в старости, и Бог повелел назвать мальчика Исааком. В армянском бытовании имя могло звучать как Исак, Исах или Исхак — отсюда и форма фамилии.

Модель образования типична для армянских фамилий: суффикс -ян (или -ан) указывает на принадлежность к роду, буквально «из семьи такого-то». Исаханян — «из рода Исахана», где Исахан — народная форма того же имени с добавлением уважительного компонента -хан (в тюркских и армянских именах этот элемент часто означал «господин», «владыка», усиливая имя). Таким образом, Исаханян — не просто «потомок Исаака», а «потомок господина Исаака» или «потомок Исахана».

Менее вероятная версия связывает фамилию с древнееврейским именем Исхак, которое толкуют как «свет». Однако для армянского языка более характерна форма Исаак, закрепившаяся через церковную традицию. В армянской среде библейские имена давали с верой в благую или, напротив, трудную судьбу: считалось, что имя незримо направляет жизнь человека.

Фамилия Исаханян встречается преимущественно среди армян, в том числе в диаспоре. Её редкий суффиксальный элемент -хан отличает от более простых форм вроде Исаакян или Исахян, подчёркивая, что предок носителя пользовался особым уважением или имел положение.