Фамилия Исаханова — яркий пример того, как тюркские и арабские элементы сплавились в русской фамильной модели. В её основе лежит составное мужское имя Исахан. Первая часть, «Иса», — это арабский вариант библейского имени Иисус (Иса ибн Марьям в исламе — один из величайших пророков). Вторая часть, «хан», — тюркский титул, который изначально обозначал вождя племени (у кочевников Ирана и Афганистана, а затем и в других тюркских государствах). Со временем «хан» превратился из правительственного титула в уважительный компонент личного имени, указывающий на знатность или просто почётное положение носителя.

Суффикс «-ова» — чисто русский, указывающий на принадлежность. В данном случае он стоит в женской форме («Исаханова» — чья? — жена или дочь Исахана). Мужской вариант фамилии — Исаханов. Такая модель образования (тюркское имя + русский суффикс) типична для фамилий, возникших на территории Российской империи в среде татар, башкир, казахов и других тюркоязычных народов после их вхождения в состав государства.

Распространена фамилия в регионах с традиционно мусульманским населением: в Татарстане, Башкортостане, Дагестане, а также среди азербайджанцев и народов Средней Азии. Встречается она и у русских, но в таких случаях, скорее всего, предки были крещёными татарами или приняли православие.

Процесс формирования фамилий у тюркских народов был длительным и завершился в основном к концу XIX — началу XX века. Поэтому точно определить место и время возникновения рода Исахановых можно только путём глубоких генеалогических изысканий, изучая метрические книги, ревизские сказки и переписи населения конкретных сёл. Однако одно можно сказать уверенно: предок-основатель носил имя Исахан, что говорит о его уважаемом положении в общине — возможно, он был старшиной, баем или просто человеком, чьё имя сочли достойным перейти в фамилию.