Фамилия Исаханов — классический пример тюркской модели образования фамилий, где к личному имени добавляется русский патронимический суффикс -ов. Её основа — составное мужское имя Исахан, которое в тюркской среде складывалось из двух частей. Первая часть, «иса», восходит к тюркскому корню со значением «живой, здоровый, благополучный». Вторая часть — «хан» — изначально обозначала вождя племени, правителя (особенно у кочевников Ирана и Афганистана). В составе личных имён «хан» со временем утратило прямое политическое значение и стало престижным компонентом, указывающим на пожелание силы и высокого положения.

Фамилия Исаханов встречается преимущественно у народов, исторически связанных с тюркским миром и исламской культурой: у татар, башкир, казахов, азербайджанцев, народов Кавказа. География бытования фамилии охватывает как регионы России (Татарстан, Башкортостан, Дагестан), так и страны Средней Азии. Поскольку имя Исахан было популярно в разных тюркских языках, фамилия могла возникать независимо в разных местах, а не только из одного родового гнезда.

Словообразовательная модель здесь прозрачна: имя Исахан → притяжательное прилагательное Исаханов («сын Исахана») → фамилия. Суффикс -ов — самый распространённый в русских фамилиях, он указывал на принадлежность к отцу. В отличие от, скажем, фамилий на -ин или -ский, модель на -ов в тюркских фамилиях встречается особенно часто, так как при русификации документов именно этот суффикс добавляли к именам и прозвищам.

Интересная деталь: в некоторых тюркских языках имя Исахан могло писаться и произноситься как Исхан, с выпадением гласного. Поэтому фамилия Исаханов — это более полная, книжная форма. В устной речи у разных народов она могла сокращаться, но при записи в метриках и паспортах закрепился именно трёхсложный вариант.

В словарях тюркских имён (например, в работах Г. Ф. Саттарова по татарской антропонимии) имя Исахан трактуется как пожелательное: родители давали его ребёнку, желая ему здоровья и благополучия, а также высокого статуса — «как у хана». Социальный состав носителей фамилии был разным: от крестьян и ремесленников до купцов и духовных лиц, поскольку имя не было закреплено за каким-то одним сословием.