Фамилия Исакунова — женская форма, образованная от мужской Исакунов. Её основа — личное тюркское имя Исакун. Это сложное имя, состоящее из двух частей: «Иса» (арабская форма библейского Иисус, почитаемого в исламе как пророк Иса) и «кун» (в тюркских языках означает «солнце» или «день»). Таким образом, Исакун можно перевести как «Солнце Исы» или «Свет пророка Исы» — имя с выраженной религиозной окраской, типичное для мусульманских народов Поволжья, Средней Азии и Кавказа.

Словообразовательная модель проста: к основе Исакун добавили русский патронимический суффикс -ов (принадлежность), а затем — окончание женского рода -а. Такие фамилии массово возникали в XIX–XX веках, когда тюркские народы Российской империи получали фамилии по отцу или деду, оформленные по русскому образцу. Исакуновы — потомки человека по имени Исакун.

Географически фамилия встречается в основном среди башкир, татар, казахов и киргизов. Встречаются варианты написания: Исакун, Исакунова, а также близкая фамилия Исаков (от имени Исаак), но Исакунов — самостоятельная единица, не сводимая к Исаку. Спорные версии о связи с тюркским «исак» (слепой) или «ис» (след) маловероятны: имя Исакун устойчиво фиксируется в мусульманских именословах.

Особенность фамилии — редкий суффикс -ун в основе, который в тюркских именах часто служит ласкательным или уменьшительным (как Айкун, Кунтуган). Поэтому Исакун могло быть не полным именем, а домашним прозвищем или сокращением от более длинного имени (например, Исакул). Предки носителей фамилии, скорее всего, были земледельцами или скотоводами, а имя-оберег указывало на религиозность семьи.