Фамилия Исакина — женская форма, а мужская, Исакин, образована по самой распространённой в русской ономастике модели: от личного имени через притяжательный суффикс -ин. Основа здесь — имя Исака, которое является народной, разговорной формой канонического крестильного имени Исаак. В церковной традиции это имя древнееврейского происхождения, означающее «он будет смеяться» или «радость». Однако в крестьянской и мещанской среде имя бытовало в упрощённом виде: Исак, Исака, Исакий. Отсюда и фамилия: «чей сын?» — Исакин, то есть потомок Исаки.

Словообразовательный суффикс -ин указывает на принадлежность к конкретному лицу, что характерно для фамилий, возникших из отчеств. В отличие от суффикса -ов/-ев, который часто присоединялся к именам на твёрдый согласный, -ин закрепился за основами, оканчивающимися на -а или -я. Таким образом, Исакин — типичный пример фамилии, которая не отражает род занятий или прозвища, а прямо указывает на имя прямого предка по мужской линии.

Географически фамилия Исакин (и, следовательно, Исакина) встречается не повсеместно, а имеет заметную привязку к северным и центральным областям России, особенно к Архангельской, Вологодской и Костромской губерниям. В этих регионах имя Исаак в народной форме Исак было особенно распространено среди старообрядцев и крестьянского населения, что объясняет концентрацию фамилии. В южнорусских и украинских землях та же основа чаще давала фамилию Исаков, с суффиксом -ов.

Интересно, что фамилия Исакина может быть ошибочно воспринята как производная от редкого женского имени Исакия, но это маловероятно: подавляющее большинство русских фамилий на -ин образовано от мужских имён. В документах XIX века женская форма Исакина встречается как естественное изменение фамилии по полу: дочь или жена Исакина. Таким образом, носительница этой фамилии может быть уверена, что её предки по мужской линии носили имя Исаак, а сама фамилия — не ремесленная и не прозвищная, а чисто патронимическая, уходящая корнями в дореволюционную крестьянскую среду Русского Севера.