Фамилия Исаква — редкий случай, когда написание почти полностью совпадает с произношением, но при этом ставит в тупик любого, кто привык к стандартным русским фамильным окончаниям. Вместо привычного -ов или -ин мы видим конечное -ва, что сразу выдает нерусское происхождение. Скорее всего, перед нами фамилия, образованная от имени Исаак (или его краткой формы Исак) по модели, характерной для народов Кавказа, в первую очередь для грузинского языка. В грузинском суффикс -ва (-швили, -дзе, -ава, -уа) указывает на принадлежность к роду или происхождение. Таким образом, Исаква может означать «потомок Исака» или «из рода Исака».

Вторая, менее вероятная, но возможная версия — это результат адаптации фамилии из тюркских языков. В некоторых тюркских наречиях слово «исак» может означать «собака» (в переносном, охранительном смысле — как имя-оберег), а суффикс -ва мог появиться при русификации, хотя для тюркских фамилий такое окончание нетипично. Однако, учитывая, что имя Исаак (Исак) было широко распространено у христианских народов Закавказья, версия с грузинским корнем выглядит убедительнее.

Исходное имя Исаак — библейское, древнееврейского происхождения, означает «он будет смеяться». В русской традиции оно давало фамилии Исаков, Исааков, Исакин. Форма Исаква — это результат переноса имени в другую языковую среду, где действовали свои законы словообразования. Носители такой фамилии, скорее всего, происходят из регионов, где грузинский язык был основным, или из смешанных русско-кавказских семей.

Встречаемость фамилии Исаква крайне низка. В дореволюционных метрических книгах и списках она почти не фиксируется, что говорит о её позднем закреплении в русском документообороте. Сейчас она может встречаться в среде потомков грузинских эмигрантов или у людей, чьи предки переселились из Грузии в другие регионы России в XX веке. Ударение, скорее всего, падает на второй слог — Исаква́, что также типично для грузинских фамилий.