Фамилия Исанбаева образована от мужского имени Исанбай, которое распространено у башкир, татар и других тюркских народов. Основа имени — «исан» (здоровый, невредимый, благополучный) и «бай» (богатый, господин, хозяин). В буквальном смысле Исанбай — «богатый здоровьем» или «благополучный господин». Такие составные имена с компонентом «бай» были типичны для дореволюционной тюркской антропонимии: они не столько указывали на реальное богатство, сколько служили пожеланием достатка и удачи ребёнку.

Суффикс «-ев» указывает на патронимическое происхождение: Исанбаева — «дочь (или жена) Исанбая». Форма на «-а» — это женский вариант фамилии, в то время как мужской звучит как Исанбаев. Такое окончание характерно для русской грамматической традиции, наложенной на тюркские основы: фамилии фиксировались в документах по модели «чей?» — Исанбаев сын, Исанбаева дочь.

Регионально фамилия чаще всего встречается в Башкортостане, Татарстане, а также в Оренбургской и Челябинской областях — именно там исторически жили башкирские и татарские роды, использовавшие имя Исанбай. В метрических книгах и ревизских сказках XIX века можно найти упоминания об Исанбаевых среди тептярей и государственных крестьян — сословий, плативших подать и не имевших дворянских привилегий.

Интересная деталь: имя Исанбай встречается и в казахской среде, но там фамилия чаще оформляется через суффикс «-улы» или «-кызы», а не через русский патроним. В русскоязычной записи фамилия Исанбаева закрепилась именно в тех регионах, где тюркское население плотно контактировало с русским делопроизводством и церковным учётом. Таким образом, фамилия — не прозвище, а прямое указание на имя предка, жившего, вероятно, в XVIII — начале XIX века.