Фамилия Исанбаев — типичный пример того, как тюркские имена становились русскими фамилиями. В её основе лежит мужское имя Исанбай, которое состоит из двух корней: «исан» (живой, здоровый, благополучный) и «бай» (хозяин, господин, богатый человек). Соединяясь, они давали пожелание: пусть ребёнок растёт крепким, полным сил и в достатке. Такие имена-обереги были распространены у татар, башкир и других тюркских народов — родители верили, что имя повлияет на судьбу сына.

Модель образования фамилии проста и прозрачна: к основе Исанбай добавили русский суффикс -ев, указывающий на принадлежность («чей?» — Исанбаев). Так в конце XIX — начале XX века, при массовой фиксации фамилий в метрических книгах, многие тюркские имена получили стандартное русское оформление. Интересно, что в башкирском языке имя может звучать как Исанбай, а в татарском — с некоторыми диалектными вариациями, но фамилия закрепилась именно в форме Исанбаев.

Географически фамилия чаще всего встречается в Башкортостане, Татарстане, а также в Оренбургской и Челябинской областях — регионах, где исторически жили башкиры и татары. Среди носителей фамилии были и крестьяне, и купцы, и духовные лица, но сословная принадлежность конкретных предков без генеалогического исследования не определяется.

В ономастике эта фамилия показательна как пример сохранения архаичного тюркского имени, где «исан» восходит к арабскому «исан» (человек), но в народной этимологии переосмыслилось как «здоровый». Споров о происхождении практически нет — версия с именем Исанбай признаётся основной и в работах тюркологов, и в словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии».