Фамилия Исанбаков отчетливо делится на три части: тюркское имя Исан, соединительный компонент -бай- и русский патронимический суффикс -ов. В основе лежит составное личное имя Исанбай, распространенное у башкир, татар и других тюркских народов Поволжья и Приуралья. Первая часть, Исан, — это местная фонетическая форма арабского имени Хасан («красивый», «хороший»), которая через тюркское посредничество закрепилась в башкирском и татарском именослове. Вторая часть, бай, в тюркских языках означает «хозяин», «господин», «богач»; в составе имен она служила пожеланием благополучия и высокого статуса. Таким образом, Исанбай — «красивый и богатый» или «хозяин красоты», типичное для XVIII–XIX веков двухосновное имя-благопожелание.

Фамилия образована по русской модели: к основе Исанбак- (где конечное -й перед русским суффиксом перешло в -к-, как это произошло в фамилиях Ахметбаков, Сагитбаков) добавили суффикс -ов. Это стандартный способ адаптации тюркских имен в русской документации. Такое оформление окончательно закрепилось в метрических книгах и ревизских сказках во второй половине XIX века, когда у башкир и татар начали массово фиксировать наследственные фамилии.

По географии фамилия Исанбаков наиболее характерна для Башкортостана, особенно для западных и южных районов республики, а также для соседних областей — Оренбургской и Челябинской. Встречается она и у татар, но реже. Предки современных Исанбаковых, скорее всего, были башкирами-вотчинниками или тептярями — категорией пришлого населения, арендовавшего земли у башкир. В сословном плане это могли быть рядовые общинники, реже — зажиточные скотоводы или торговцы.

С точки зрения словообразования фамилия примечательна тем, что сохранила архаичный вариант перехода -ай в -ак. В более поздних записях ту же основу часто оформляли как Исанбаев, без замены конечного звука. Наличие формы Исанбаков указывает на давнюю фиксацию фамилии — скорее всего, еще в первой половине XIX века, когда русские писцы последовательно переделывали тюркские имена под привычные для себя суффиксы.