Фамилия Ишакбаев имеет очень интересную историю происхождения и относится к распространенному типу древнейших восточных фамилий, ведущих свое начало от тюркских носителей, а именно выходцев из Золотой Орды: или от печенегов, или от половцев. Соответственно, своими корнями фамилия Ишакбаев уходит в XV-XVII вв. Сведения в родословной о восточном происхождении фамилии Ишакбаев являются более или менее точными и подтверждаются соответствующими восточным именем ее родоначальника. Фамилия Ишакбаев ведет свое начало от мужского имени Ишакбай, которое имеет сложную структуру и состоит из трех компонентов тюркского происхождения. Первый из них – «иш» –переводится на русский язык как «четный, парный, многочисленный». Поэтому в составе имен компонент «иш» приобретал значение «пара, прибавление, добавка», т.е. Второй компонент – «ак» – переводится на русский язык как «белый, чистый, непогрешимый». Имена, содержащие эту основу, как правило давались как завет – идти по жизни чистым и праведным путем. Элемент «бай» — как «богатый, зажиточный человек; хозяин, господин». Проникновению инонациональных основ в состав русских фамилий, и в частности в состав фамилии Ишакбаев способствовал тот исторический факт, что многие дворяне в России были по своему происхождению нерусскими. Тем не менее, фамилия Ишакбаев представляет собой замечательный памятник восточной письменности и культуры.