Фамилия Ишакбаевы — редкий пример сложносоставной тюркской основы, закрепившейся в русской фамильной модели. Вопреки поверхностному впечатлению, её корни не связаны с русским словом «ишак». Фамилия образована от мужского имени Ишакбай, типичного для тюркской ономастики XV–XVII веков.

Имя Ишакбай трёхкомпонентное. Первая часть — «иш» — восходит к тюркскому понятию «пара, прибавление, многочисленный». В составе имён этот корень часто означал «добавка»: так могли назвать долгожданного ребёнка, родившегося после других детей. Вторая часть — «ак» — переводится как «белый, чистый, непогрешимый». В тюркских именах этот элемент служил своего рода оберегом, пожеланием идти по жизни праведным путём. Третий компонент — «бай» — означает «богатый, зажиточный человек, хозяин, господин». В целом имя Ишакбай можно истолковать как «чистый (праведный) богатырь, данный как прибавление (в семье)».

Суффикс -ев указывает на русскую модель образования фамилий от имён на -ай: Ишакбай → Ишакбаев, то есть «потомок Ишакбая». Такое оформление характерно для фамилий, возникших в среде тюркских народов, вошедших в состав Российского государства, или среди служилых людей восточного происхождения.

Носители фамилии Ишакбаевы встречаются преимущественно в регионах с тюркским населением: в Башкортостане, Татарстане, Оренбургской и Челябинской областях. География бытования подтверждает версию о происхождении из тюркской языковой среды, а не из русской.

Фамилия Ишакбаев — не просто семейное имя, а памятник восточной письменности и культуры, сохранивший в своей структуре архаичные элементы тюркского именослова.