Фамилия Ишанходжаев — классический пример сложения двух арабско-персидских титулов, которые в Средней Азии превратились в личные имена. Первая часть, «ишан», в исламской среде означала духовного наставника, главу суфийского ордена или просто уважаемого религиозного авторитета. Вторая часть — «ходжа» (или «ходжа»), титул, который носили потомки пророка Мухаммеда через его дочь Фатиму и зятя Али, а также купцы и грамотные люди в целом. Сращение этих двух слов в одно имя — Ишанходжа — встречается преимущественно у узбеков, таджиков и других народов Центральной Азии.

Русский суффикс -ев присоединился к основе Ишанходжа по стандартной модели фамилий на -ев/-ов, характерной для тюркских и иранских заимствований. Фамилия образована от отчества: Ишанходжаев сын, то есть потомок человека по имени Ишанходжа. Это указывает на то, что предок носителя фамилии, скорее всего, принадлежал к духовному сословию или к роду, где высоко ценилась религиозная учёность.

В отличие от более простых по составу фамилий вроде Ходжаев, вариант Ишанходжаев встречается заметно реже. Он несёт двойную «сакральную» нагрузку: оба корня — маркеры высокого социального статуса в дореволюционной Средней Азии. Носитель такой фамилии мог происходить из семьи, где звание «ишан» передавалось по наследству, а титул «ходжа» подкреплял генеалогическую память о происхождении от пророка. В советское время фамилия утратила сословный подтекст, но её структура сохранила свидетельство о том, что предки были заметными фигурами в своей общине.

Географически фамилия привязана к Узбекистану, Таджикистану и приграничным районам Кыргызстана. В России она встречается среди выходцев из этих регионов, особенно в крупных городах и диаспорах. Альтернативных версий происхождения, кроме как от личного имени Ишанходжа, у этой фамилии нет — все разборы сводятся к одному корню, и спор здесь может идти только о том, насколько буквально воспринимать титул «ишан» (реальный духовный сан или просто почётное прозвище).