Фамилия Ишанходжаева — редкий для России пример сложения двух тюркско-персидских титулов в одной основе. Она образована от мужского имени или прозвища Ишанходжа, где первая часть «ишан» (из персидского через тюркские языки) означает духовного наставника, главу суфийского ордена, а вторая — «ходжа» (хожа, ходжа) — почётное звание, восходящее к арабскому «хозяин, господин», а в Средней Азии — потомок пророка или крупный землевладелец. Таким образом, имя Ишанходжа буквально переводится как «господин-наставник» или «святой потомок пророка» — двойной религиозный титул, указывающий на высокий статус носителя в исламской иерархии.

Модель образования фамилии — восточная, с русским суффиксом -ев и окончанием -а, характерным для женской формы (Ишанходжаев → Ишанходжаева). Суффикс -ев присоединяется к основе, оканчивающейся на гласный (ходжа → ходжаев), что типично для фамилий, адаптированных из тюркских языков. Генетически фамилия восходит к арабским и персидским корням, но её бытование — почти исключительно в Средней Азии, в первую очередь в Узбекистане и Таджикистане, откуда она могла попасть в русскоязычную среду через миграции XX века.

Интересная деталь, которую упускают в типовых описаниях: фамилия Ишанходжаева почти не встречается в дореволюционных метрических книгах Российской империи. Её массовая фиксация началась в советское время, когда в паспортной системе Средней Азии активно оформляли фамилии по модели «имя отца + русский суффикс». Это значит, что предок носителя, вероятно, был заметной фигурой в махалле или медресе — не просто носителем имени, а человеком, которого окружающие называли «ишан-ходжа» как уважительное прозвище. Споров о происхождении тут почти нет: обе части прозрачны, и альтернативные версии (например, от географического названия) не имеют под собой оснований, так как топонимов с таким корнем не существует.

По суффиксу -ева фамилия относится к группе «матронимических» в русской традиции, но по смыслу она патронимическая: передавалась по мужской линии, а женская форма закрепилась в документах как стандартная для замужних женщин. Носительница этой фамилии — скорее всего, потомок узбекского или таджикского рода, где титул «ходжа» передавался из поколения в поколение, а «ишан» мог обозначать конкретного предка-суфия. В современной России фамилия остаётся редкой, что делает её своеобразным маркером среднеазиатского исламского наследия.