Фамилия Ишбаева — женская форма мужской фамилии Ишбаев, и её разбор стоит начать с тюркского корня, а не с русского суффикса. Основа «Ишбай» — составное тюркское имя, где «иш» означает «работа, дело, труд» (в некоторых диалектах — «друг, товарищ»), а «бай» — «богатый, господин, хозяин». Таким образом, Ишбай — это либо «богатый работой/делом» (то есть человек, у которого много дел, трудолюбивый), либо «товарищ-господин» (уважительное обращение к другу).

Модель образования типична для тюркских фамилий, русифицированных с помощью суффикса -ев (к основе на -й добавляется -ев, а не -ов, так как -й — мягкий согласный). В русской традиции такие фамилии закрепились в XIX—XX веках при переходе от отчества к наследственной фамилии. Ишбаев — это буквально «сын Ишбая» или «принадлежащий Ишбаю».

Географически фамилия тяготеет к Волго-Уральскому региону и Южному Уралу. Чаще всего она встречается у башкир и татар, реже — у казахов. В Башкортостане имя Ишбай известно как доисламское, традиционное имя, которое давали мальчикам в надежде на трудолюбие и достаток. Встречаются варианты написания с одной «б» (Ишаев), но это уже другая фамилия — от имени Ишай (тюркское «пара» или библейское Иессей).

Сословно предки-носители фамилии Ишбаевых могли быть как крестьянами-скотоводами, так и служилыми людьми. В башкирской среде существовала практика, когда имя Ишбай носили вотчинники, владевшие землёй, что подтверждается записями в ревизских сказках Оренбургской губернии XIX века. Однако специальных дворянских грамот у этой фамилии не зафиксировано — она оставалась в основном крестьянской или мещанской.

В русском языке фамилия Ишбаева склоняется по общим правилам: в родительном падеже — Ишбаевой, дательном — Ишбаевой и так далее. В разговорной речи иногда встречается ударение на второй слог (ИшбАева), но нормативным считается ударение на последний слог (ИшбаевА), как у большинства фамилий с суффиксом -ев.