Фамилия Ищукова — женская форма фамилии Ищуков, и её разбор стоит начать с мужского варианта. В основе лежит прозвище Ищук. Суффикс -ук (-юк) характерен для западнорусских, украинских и белорусских земель: он указывал на молодого человека или сына человека с соответствующим именем или прозвищем. Ищук — это «сын Иска» или «маленький Иск». А Иск — сокращённая форма одного из крестильных имён, начинающихся на Ис-, например, Исаакий или Исидор. В бытовой речи такие имена часто усекали до первого слога или звука: Ис → Иск, а затем добавляли уменьшительный суффикс. Получается цепочка: Исаакий → Иск → Ищук → Ищуков.

Менее распространённая, но возможная версия — происхождение от прозвища Ищук, связанного с глаголом «искать». В этом случае предок мог быть сыщиком, разведчиком или просто дотошным, любопытным человеком, которого так прозвали в насмешку или за уважение. Однако среди славянских прозвищ от глаголов чаще встречаются формы на -а, -ло, -ун (Искала, Искало, Искун), а суффикс -ук более типичен для патронимических образований, то есть «чей-то сын». Поэтому версия с именем Исаакий выглядит надёжнее.

Географически фамилия Ищуков (и Ищукова) сосредоточена в южных и западных регионах России, а также на востоке Украины. Это подтверждает её западнорусский или украинский след: в центральных и северных областях России чаще использовали суффиксы -ов/-ев напрямую к полному имени, а не через промежуточную форму на -ук. Интересно, что фамилия не слишком распространена, что говорит о локальном происхождении — скорее всего, от одного или нескольких родов в конкретной местности.

С точки зрения социальной истории, носители фамилии Ищуковы, вероятно, относились к крестьянскому или казачьему сословию. Фамилии на -ук в малороссийских землях часто получали рядовые казаки или мещане, а в русских губерниях — крестьяне, которым фамилию давали по отцу или деду. Дворянских родов с такой фамилией в исторических справочниках не зафиксировано, что тоже типично для патронимов от разговорных форм имён.