Фамилия Ишегулова образована от мужского имени Ишегул, бытовавшего у башкир и татар. Основа имени — две тюркские основы: «иш» (друг, товарищ, пара) и «гул» (арабское «гуль» — цветок, раба, слуга). В буквальном прочтении имя Ишегул означает «друг-цветок» или «товарищ-раб», но в ономастике такие композиты чаще осмыслялись как пожелательные: «пусть будет верным другом» или «пусть обретёт товарища». Вторая часть «гул» в тюркских именах нередко несёт суфийский оттенок — «раб Божий», «преданный слуга», поэтому имя могло быть и религиозно окрашенным.

Фамилия стоит в женской форме — с окончанием -а. Мужской вариант — Ишегулов. Такая модель типична для русских фамилий, образованных от тюркских имён: женская форма фиксирует принадлежность к роду по отцу или мужу. Суффикс -ов в основе указывает, что фамилия оформлялась уже в русской среде, в период, когда башкирские и татарские семьи принимали фамилии по образцу русских патронимов.

Географически фамилия Ишегулова распространена в Башкортостане, Татарстане, Оренбургской и Челябинской областях. Встречается и среди казахов, но реже. В башкирском языке имя Ишегул записано в дореволюционных метрических книгах, а в советское время уступило место более новым именам, поэтому подавляющее большинство носителей фамилии — потомки людей, живших в XIX — начале XX века.

Сословно предки Ишегуловых могли быть тептярями, башкирами-вотчинниками или государственными крестьянами. В Башкортостане носители фамилии нередко числились в составе родовых подразделений, где имя Ишегул передавалось как личное имя, а затем закрепилось как фамильное прозвание. Дворянских родов с такой фамилией в «Бархатной книге» и других реестрах не зафиксировано — это фамилия крестьянского и мещанского происхождения.

Написание Ишегулова — единственно верное для русского языка. Варианты с буквой «ы» вместо «и» (Ышегулова) или с двойным «л» (Ишегуллова) встречаются в документах, но это результат ошибок при записи в советских паспортных столах. Фамилия не склоняется в женском роде только в разговорной речи — по правилам русского языка женская форма на -а склоняется как обычное существительное первого склонения.