Фамилия Ишемгулова — редкий пример тюркского имени, перешедшего в русскую фамилию через башкирскую или татарскую среду. В основе лежит мужское имя Ишемгул, которое состоит из двух частей: «ишем» (в диалектах — «друг», «товарищ», реже «мой друг») и «гул» (от арабского «гуль» — «раб», «слуга»). Полное значение имени — «раб друга» или «слуга товарища», что в исламской традиции было формой выражения смирения и преданности. По смыслу это имя близко к арабским именам с элементом «абд» (раб), но здесь роль «господина» выполняет не Аллах, а человек — друг или сподвижник.

Суффикс -ов- в окончании указывает на принадлежность: Ишемгулов — потомок Ишемгула. Женская форма Ишемгулова образована стандартно для русской грамматики, хотя сама фамилия остаётся по происхождению тюркской. Встречается она преимущественно в Башкортостане и в соседних регионах Урало-Поволжья — в Челябинской, Оренбургской областях, а также в Татарстане. Это не случайно: именно у башкир и татар имена с компонентом «гул» были особенно популярны в XVIII–XIX веках.

Фамилия не имеет отношения к русским крестьянским прозвищам или ремёслам. Её носители — скорее всего, потомки башкирских или татарских родов, которые при переходе в русскую гражданскую систему получили фамилию по имени отца. В документах XIX века такие фамилии фиксировались у тептярей, мишарей и у башкир-вотчинников. В редких случаях возможна вариация написания: Ишимгулова (с буквой «и» в первом слоге), что связано с диалектным произношением. Однако основная форма — через «е» — закрепилась в официальных записях.