Фамилия Ишикаев — тюркская по происхождению, и её разумнее всего рассматривать в контексте татарских, башкирских или чувашских ономастических традиций. Если отбросить русское окончание -ев (которое появилось при русификации фамилии), основа — Ишикай. Эта форма образована от мужского имени Ишикай с помощью тюркского уменьшительно-ласкательного суффикса -кай/-кәй. Такие суффиксы в башкирском и татарском языках придают имени оттенок ласковости или принадлежности к младшему поколению (ср. Байкай, Яныкай, Тойкай).

Корень имени восходит к слову «иш» (друг, товарищ, спутник) или к его производным. В тюркских языках «иш» также может означать «пара», «ровня». Соответственно, Ишикай — это «дружок», «товарищ», «тот, кто подходит под пару». Встречается и версия, что в основе лежит древнетюркское «иш» со значением «работа, дело», но для личного имени прозвищный смысл «друг» или «спутник» более типичен и встречается в ономастике чаще.

Фамилия Ишикаев характерна для татар и башкир, особенно распространена в Башкортостане и соседних регионах Урала. Встречается она и у чувашей, где имя Ишикай могло быть заимствовано из тюркской среды. Русский суффикс -ев (вместо ожидаемого -ов) указывает на то, что фамилия оформлялась по мягкому варианту склонения, что типично для основ на -й. Сословно предки Ишикаевых, скорее всего, были крестьянами или тептярами (сословие в Башкирии), реже — служилыми татарами.

В отличие от многих русских фамилий на -ов, где суффикс указывает на принадлежность отцу (Иван — Иванов), здесь -ев — чисто грамматический показатель, приставленный к уже готовому тюркскому имени. Поэтому Ишикаев буквально означает «сын Ишикая» или «потомок Ишикая».