Фамилия Ишимникова — женская форма от Ишимников, и её разумнее начинать с мужского варианта. В основе лежит слово «ишимник» — так в русских говорах, особенно сибирских и уральских, называли человека, имеющего отношение к реке Ишим. Ишим — один из крупных притоков Иртыша, протекающий по территории современного Казахстана и Тюменской области. Соответственно, «ишимник» — это либо житель берегов Ишима, либо, что вероятнее, человек, пришедший с этой реки, переселенец.

Модель образования типична для русских фамилий: сначала появилось прозвище или отчество Ишимник (по месту жительства или происхождения), а затем к нему добавился патронимический суффикс -ов, давший фамилию Ишимников. Форма на -ова — стандартное указание на принадлежность к роду, жене или дочери. Суффикс -ник в основе нередко указывал на человека по его занятию или характерному признаку, но в данном случае он выполняет скорее территориальную функцию: «ишимник» — тот, кто с Ишима.

Географически фамилия редкая и локализованная. В дореволюционных переписях и современных базах данных носители Ишимниковых встречаются преимущественно в Зауралье и Западной Сибири — в Курганской, Тюменской, Омской областях. Это подтверждает связь с конкретным водным объектом. В центральных и южных губерниях России фамилия почти не фиксируется.

Интересная деталь: в отличие от более распространённых «речных» фамилий вроде Волгин или Донской, Ишимников образована не от названия реки напрямую, а через промежуточное прозвище жителя. Это делает её более «бытовой» и конкретной — предок носителя не просто «человек с Ишима», а именно тот, кого в своей среде выделяли как «ишимника», возможно, пришлого с той стороны. Спорных версий, по сути, нет: этимология прозрачна, и альтернативные толкования (от тюркского личного имени или профессии) выглядят натянутыми, поскольку не подтверждаются ни словообразовательной логикой, ни ареалом фамилии.