Фамилия Ишимов, скорее всего, образована от географического названия — реки Ишим. Этот левый приток Иртыша протекает по территории России и Казахстана, а на его берегах стоит город Ишим в Тюменской области. Модель образования проста: к основе «Ишим» добавили типичный русский патронимический суффикс «-ов». Такая фамилия указывала на выходца с этих мест или на человека, жившего у реки Ишим.

Происхождение самого названия неочевидно. Самая правдоподобная версия связывает его с мордовским корнем «виш» (то есть «малая») и суффиксом «-им», что в сумме означало «Маловка». В тюркской, в частности татарской, языковой среде мягкий начальный звук «в» оказался чуждым и со временем отпал. Так «Вишим» превратился в «Ишим», а слово совпало с распространённым тюркским мужским именем Ишим. Поэтому у фамилии может быть и вторая, личная основа: от имени Ишим. Выбрать одну версию сложно — обе имеют право на существование, но географическая привязка выглядит более прямой.

Среди носителей фамилии известна русская писательница Александра Осиповна Ишимова (1804–1881). Она писала для детей, в основном перелагая исторические сочинения, и её имя осталось в истории литературы.

Суффикс «-ов» указывает на то, что фамилия формировалась в русской среде, хотя основа могла прийти из разных языков. Это типичная модель для русских фамилий, образованных от названий рек, городов или личных имён.