Фамилия Ишимова образована от названия реки или города Ишим, а не от личного имени. Это один из тех случаев, когда фамилия закрепилась за человеком по месту его жительства или происхождения. Река Ишим — левый приток Иртыша, протекающий по территории России и Казахстана, а на её берегу стоит город Ишим в Тюменской области. Человек, переселившийся из этих мест в другую местность, получал прозвище Ишим, а его потомки становились Ишимовыми.

Происхождение самого топонима Ишим неочевидно. По одной из версий, в основе лежит мордовский корень «виш» (малая) с суффиксом «-им», то есть первоначальное название звучало как Вишим — Маловка. В татарской языковой среде мягкий начальный звук «в» был утрачен как чуждый нормам татарской речи, и название адаптировалось под распространённое тюркское мужское имя Ишим. Так гидроним, пройдя через языковой фильтр, превратился в знакомое нам слово.

Суффикс -ов в фамилии Ишимова указывает на принадлежность: буквально «из рода Ишима». Это стандартная модель русских фамилий, образованных от прозвищ или географических названий. Женская форма Ишимова — это вариант для замужней женщины или дочери, мужская — Ишимов.

Самая известная носительница фамилии — Александра Осиповна Ишимова (1804–1881), русская писательница, автор исторических рассказов для детей. Её книги, по сути, были литературными переложениями исторических сочинений, и она считается одной из первых в России детских писательниц-историков. Именно благодаря ей фамилия Ишимова получила широкую известность в русской культуре.

Точное время и место возникновения рода Ишимовых можно установить только через генеалогические исследования. Фамилия не является редкой, но и не относится к числу самых распространённых. Встречается она преимущественно в регионах, связанных с рекой Ишим, — в Тюменской, Омской областях, а также среди потомков переселенцев из этих мест.