Фамилия Ишимская — типичная «географическая» фамилия, указывающая на связь с местом. Её основа — топоним Ишим, а суффикс -ск- и окончание -ая выдают в ней форму прилагательного женского рода. Мужской вариант, соответственно, Ишимский.

Самый очевидный источник — река Ишим, один из крупнейших притоков Иртыша, протекающий по территории Казахстана и России. На этой реке стоит город Ишим в Тюменской области. Однако фамилия могла возникнуть не только от названия города, но и от любого села или деревни с таким именем. В старину, когда крестьянам или мещанам давали фамилии при переписях, их часто записывали по месту жительства: «Иван, Ишимский» — то есть «родом из Ишима» или «живущий на Ишиме».

Суффикс -ск- типичен для дворянских и церковных фамилий (князья Трубецкие, духовенство по названиям епархий), но в народной среде он тоже встречался, особенно у выходцев из городов. При этом фамилия Ишимская вряд ли была дворянской — скорее, это фамилия мещан, купцов или крестьян, переселившихся в другие места и получивших прозвище по прежней родине.

Интересная деталь: в некоторых сибирских говорах «ишим» могло быть и прозвищным словом. Есть версия, что в диалектах «ишим» означало «сирота» или «бобыль» (одинокий бедняк). Но эта гипотеза менее убедительна: географических названий с корнем Ишим гораздо больше, и фамилия Ишимская чаще всего привязана именно к реке или городу.

Встречается фамилия и в форме Ишимский (мужской род) — это исходный вариант, а женская форма Ишимская закрепилась у женщин по правилам русского языка. В дореволюционных документах можно найти обе формы в зависимости от пола носителя.