Фамилия Ишимбаев происходит от тюркского имени Ишимбай, которое образовано от двух основ: «ишим» и «бай». Ишим представляет собой имя, которое образуется путем присоединения к слову «иш» в значении «ребенок, семья» притяжательного суффикса -им-. Вторая основа «бай» переводится с древнетюркского как «богатый», «могущественный». Таким образом, имя Ишимбай обозначает «принадлежащий богатой семье». Вероятно, нарекая ребенка таким именем, родители желали, чтобы их сын стал обеспеченным человеком и достойным мусульманином. Таким образом, потомок человека, которого звали Ишимбай, со временем получил фамилию Ишимбаев.