Фамилия Ишмендерова — редкий пример, где на слух почти невозможно угадать, с какого языка пришла основа. Если отбросить окончание -а, типичное для женской формы, и суффикс -ов-, указывающий на принадлежность («чей?» — Ишмендеров), остаётся корень Ишмендер. Это явно не славянское и не тюркское слово в чистом виде, а, скорее всего, сложносоставное имя или прозвище.

Скорее всего, в основе лежит арабское имя Ишмухаммед (или Ишмухаммат), распространённое у татар и башкир. В татарской ономастике имя Ишмухаммед означает «друг (или сподвижник) Мухаммеда». При быстром произношении в диалектах «Ишмухаммед» могло стянуться до «Ишмендер»: звук «х» выпал, а окончание переосмыслилось под влиянием других имён на -дер (например, Миндер, Гайдер). Мужская форма Ишмендеров, а от неё — Ишмендерова, и есть «из рода Ишмендера».

Вторая, менее вероятная версия — связь с казахским или башкирским словом «иш» (работа, дело) и «мендер» (в значении «носитель» или «владелец»). Тогда прозвище Ишмендер могло означать «хозяин дела» или «работящий». Но эта гипотеза слабее, так как конструкция «иш + мендер» нехарактерна для тюркского словообразования в фамилиях, а имя Ишмухаммед — вполне типично.

Фамилия почти наверняка сформировалась в среде крещёных татар или в мусульманской среде Поволжья и Приуралья (Татарстан, Башкортостан, Оренбургская область). Суффикс -ов, а не -ин, говорит о том, что фамилию давали по отцу (Ишмендер → Ишмендеров сын), а не по прозвищу матери. Носительницы фамилии Ишмендерова, скорее всего, потомки татарских или башкирских крестьян, получивших фамилию после ревизий XIX века, когда фиксировали всех «по отчеству». Уникальность фамилии в том, что она сохранила редкий фонетический переход от имени пророка к бытовому прозвищу, почти стёртому временем.