Фамилия Ишмурат — редкий случай, когда личное имя стало родовым прозвищем, почти не изменив формы. В её основе лежит мужское башкирское или татарское имя Ишмурат, которое состоит из двух компонентов. Первый — «иш» (друг, товарищ, спутник), второй — «мурат» (от арабского «мурад» — желание, цель, стремление). В сумме имя Ишмурат переводится как «желанный друг» или «спутник по цели». Это типичная для тюркских народов антропонимическая модель, где к основе добавляется оценочный или пожелательный смысл.

Фамилия образована без суффикса — путём переноса имени в неизменной форме. В русской традиции такие фамилии обычно закреплялись за выходцами из татарских, башкирских или мишарских родов, которые не получали русифицированного окончания -ов/-ев. Это указывает на сравнительно позднюю фиксацию фамилии в документах, когда имя уже воспринималось как фамильное прозвище. Встречается фамилия преимущественно у башкир и татар, а также у чувашей — в последнем случае могло быть заимствование через межэтнические браки.

Суффикса нет, но есть региональная особенность: в башкирской среде фамилия чаще записывается как Ишмуратов, а форма без окончания — более архаичный или диалектный вариант. Встречаются написания через «е» (Ешмурат) — это следствие местного произношения, где начальный звук смягчается. Социальный статус первых носителей определить сложно, но имя Ишмурат было распространено среди крестьян и служилых татар, реже — среди купечества.

Поскольку фамилия напрямую восходит к имени, она не несёт указания на профессию или внешность предка, а говорит о том, что его самого или его отца звали Ишмуратом. В ономастических справочниках фамилия не упоминается — её нет ни в словаре Унбегауна, ни в работах Никонова, что подтверждает её узколокальный характер.