Фамилия Ишмуратова образована от восточного мужского имени Ишмурат. Это имя восходит к двум тюркским основам. Первая из них - «Иш», то есть «чётный, парный, многочисленный», а также «товарищ, спутник, друг, помощник» или «ровня, равноценный, подобный». Вторая – арабское имя Мурат, которое переводится как «желанный». Таким образом, основа «Иш-» наделялась значением «пара, прибавление, добавка», то есть не первый ребенок. Процесс формирования фамилий был достаточно длительным, поэтому окончательно говорить о точном месте и времени возникновения рода Ишмуратовых можно лишь на основании генеалогических исследований.