Фамилия Ишмуратовы (в мужском варианте — Ишмуратов) образована от составного тюркского имени Ишмурат. Её основа складывается из двух частей. Первая — «иш», что в тюркских языках означает не только «товарищ, спутник, помощник», но и «пара», «чётный», «подобный». Вторая часть — арабское имя Мурат («желанный», «цель»). Таким образом, имя Ишмурат могли дать второму, «парному» ребёнку — то есть не первенцу, а тому, кто родился «в пару» к старшему. Эта модель образования имён (сложение тюркского «иш» с арабским именем) встречается у многих тюркских народов: башкир, татар, казахов.

Исторически фамилия относится к пласту древних восточных фамилий, которые вошли в русскую антропонимию через выходцев из Золотой Орды, а также через контакты с печенегами и половцами. Проникновение таких основ в русские фамилии особенно активно шло в XV–XVII веках, когда многие нерусские дворяне поступали на службу к московским князьям. Поэтому Ишмуратовы — это не обязательно потомки знати, но их родоначальник почти наверняка был носителем тюркского языка и культуры. Суффикс -ов указывает на стандартную русскую модель оформления фамилии как притяжательного прилагательного: «чей?» — Ишмуратов, то есть сын Ишмурата.

В отличие от многих фамилий, где значение спорно, здесь корень прозрачен и не вызывает серьёзных разногласий среди ономатологов. Фамилия Ишмуратов — памятник восточной письменности и культуры, сохранивший в своей основе древнюю систему имянаречения, где имя несло не только пожелание (желанный ребёнок), но и порядковый статус в семье.