Фамилия Ишмурзина образована от мужского имени Ишмурза. Это сложносоставное тюркское имя, где первая часть «иш» восходит к тюркско-татарскому слову со множеством значений: «четный, парный, многочисленный», а также «товарищ, спутник, помощник; ровня, равноценный; народ, семья, род». Вторая часть — Мурза, имя, которое в переводе с арабского означает «сын эмира (царя)», то есть «белая кость», «благородный, знатный, ценный». Таким образом, имя Ишмурза можно истолковать как «равный мурзе» или «товарищ знатного человека».

Сама модель фамилии — суффикс -ин — типична для русского языка: так образовывали притяжательные фамилии от имен и прозвищ, оканчивающихся на -а, -я. То есть Ишмурзины — это буквально «дети Ишмурзы». Фамилия имеет явные тюркские корни и широко распространена среди башкир и татар, у которых подобные составные имена из двух полноценных компонентов — давняя традиция. Встречаются и однокоренные фамилии: Ишмурзин, Ишмурзина (женская форма), а также более редкие варианты вроде Ишмурзов, где использован другой патронимический суффикс.

Процесс закрепления фамилий у тюркских народов Поволжья и Приуралья растянулся на несколько столетий, поэтому точно определить, когда именно и в какой местности оформился род Ишмурзиных, можно только по генеалогическим документам. Однако ясно, что предки носителей этой фамилии носили имя Ишмурза, которое подчеркивало их близость к знатному кругу или равное с ним положение.