Фамилия Иштакбаева образована по самой распространённой в русском языке патронимической модели — с суффиксом -ев, указывающим на принадлежность («чей?»), и женским окончанием -а. Мужской вариант — Иштакбаев. В основе лежит тюркское имя или прозвище Иштакбай, которое состоит из двух частей: «иштак» и «бай». Слово «иштак» в ряде тюркских языков (например, в башкирском, татарском) означает «товарищ», «спутник», «сообщник», а «бай» — «богач», «господин», «хозяин». Таким образом, Иштакбай — это составное имя со значением «богатый товарищ» или «господин-спутник», что могло быть как личным именем, так и прозвищем, данным человеку за его общительность, верность в дружбе или зажиточность.

Фамилия имеет ярко выраженную региональную привязку: она характерна для башкирской и татарской ономастики. Судя по распространённости, наибольшее число носителей сосредоточено в Республике Башкортостан и соседних областях (Оренбургская, Челябинская). Встречается она и у казахов, где имя Иштакбай также известно, но с несколько иным оттенком: в казахском языке «иштак» может означать «помощник», «подручный». Это неслучайно: кочевые и полукочевые народы Урало-Поволжья и Центральной Азии веками обменивались антропонимическими моделями, поэтому одни и те же корни переходят из языка в язык.

С точки зрения социальной истории, предки носителей фамилии Иштакбаева скорее всего относились к сословию башкирских вотчинников или тептярей (сословная группа в Башкортостане). Фамилия фиксируется в метрических книгах и ревизских сказках XIX века, причём в русских документах она писалась вариативно: Иштаклаев, Иштакбаев, а иногда и с заменой «ш» на «с» — Истакбаев. Такая разнобойность типична для фамилий, записанных со слуха при крещении или переписи, когда писарь не знал точного произношения.

Отдельного внимания заслуживает суффикс -баев, который сам по себе является продуктивной моделью в тюркской антропонимии. В русском языке он превратился в фамильный формант, но в исходном виде — это часть имени, где «бай» выступает как титул или указание на статус. Поэтому фамилия Иштакбаева буквально означает «дочь (или жена) Иштакбая», а её мужской аналог — «потомок Иштакбая». Никакого другого, более древнего или славянского корня у неё нет: это чисто тюркское образование, адаптированное русской грамматикой.