Фамилия Иштакбаев — редкий пример фамилии, образованной от сложного тюркского имени, где каждая часть имела самостоятельное значение. Основа здесь — мужское имя Иштакбай, которое у башкир, татар и казахов складывается из двух корней: «иштак» (товарищ, друг, ровня) и «бай» (богатый, хозяин, господин). В буквальном переводе имя означало «богатый друг» или «друг богача», но в традиции кочевых народов такие имена давали с пожеланием, чтобы у мальчика было много верных товарищей и он ни в чём не нуждался.

Русский суффикс -ев (вариант -ов после мягких и шипящих) прирастили к основе уже в документах, когда башкир и татар в XIX — начале XX века записывали в метрики и ревизские сказки. Так Иштакбай превратился в Иштакбаев — «сын Иштакбая». По той же модели в Поволжье и Приуралье сложились фамилии Ишбулатов, Ишмухаметов, Иштуганов, где первая часть «иш» тоже означает «друг, товарищ». Но «иштак» — более редкий вариант, чем просто «иш», что делает фамилию заметной даже среди однокоренных.

Географически фамилия тяготеет к южным районам Башкортостана и Оренбургской области. Встречается она и у казахов, но там чаще сохраняется форма Иштакбай без русского суффикса. По сословной принадлежности предки носителей — скорее всего, башкиры-вотчинники или тептяри, то есть не крепостные, а платившие ясак и служившие по найму. Точных сведений о дворянстве или купечестве по этой фамилии нет, но и низкими податными сословиями её носители не были — бай в имени указывает на определённый достаток или уважение в общине.

Встречаются варианты написания с одной «б» (Иштакаев) — это результат упрощения при записи, когда двойной согласный на стыке корней не отражали. Но нормативная форма, закреплённая в паспортах, — именно Иштакбаев.