Фамилия Иштанова чаще всего образована от личного имени Иштан. В татарском языке это имя означает «ровня рассвету, подстать рассвету». Родители могли дать такое имя ребенку, родившемуся на утренней заре. Суффикс -ов в основе фамилии — типичная русская патронимическая модель, указывающая на принадлежность («чей?»): Иштанов — сын Иштана. Женская форма Иштанова закрепилась как фамилия по мужу или отцу.

Но есть и вторая, менее очевидная версия. Фамилия могла возникнуть не от имени, а от прозвища Иштан, которое дали по названию деревни Нагорный Иштан в Томском районе. Это старинное поселение, известное скоплением археологических памятников — от неолита до развитого средневековья. Жителя или выходца из Нагорного Иштана могли прозвать Иштан, а его потомки уже стали Иштановыми. Версия с прозвищем менее распространена, но географическая привязка делает её вполне реальной для части носителей фамилии, особенно если их корни ведут в Сибирь.

Таким образом, у фамилии два возможных корня: либо тюркское имя с поэтичным значением «ровня рассвету», либо сибирский топоним. Оба варианта сходятся в том, что основа Иштан — это именование конкретного человека, от которого пошёл род.