Фамилия Иштокина — редкий случай, где географическая привязка оказывается важнее морфологического разбора. На первый взгляд, перед нами типичная «матронимическая» модель на -ин: от женского имени или прозвища Иштока. Но в русском именослове такого имени нет, и это сразу отсекает самую простую версию.

Ключ к фамилии — её ареал. Иштокины встречаются почти исключительно в южнорусских регионах, особенно в Воронежской, Ростовской и Волгоградской областях. Это указывает на украинское или диалектное происхождение основы. В украинском языке есть слово «ишток» — искажённое «исток» (начало реки, родник). В говорах так могли называть человека, жившего у истока реки или ключа. Тогда Иштока — прозвище, данное по месту жительства, а Иштокин — «чей?» — сын или потомок Иштоки.

Суффикс -ин здесь работает по стандартной модели: от прозвища на -а (Иштока) образуется притяжательное прилагательное, которое закрепилось как фамилия. Мужской вариант — Иштокин.

Вторая, менее вероятная версия — от тюркского «ишток» или «иштик» (войлок, валяная шерсть). В этом случае прозвище Иштока мог получить валяльщик войлока или торговец им. Но против этой гипотезы говорит отсутствие фамилии в татарской или башкирской среде — она почти не фиксируется за пределами русско-украинского пограничья.

Таким образом, Иштокина — фамилия, скорее всего, топонимического происхождения. Предок её носителя жил у истока реки, за что и получил прозвище. Встречается она редко, и по ней нельзя судить о сословной принадлежности: среди Иштокиных были и крестьяне, и казаки.