Фамилия Иштуганова — женская форма фамилии Иштуганов, и её разбор стоит начать не с корня, а с суффикса. Суффикс -ов типичен для русских фамилий, но основа здесь тюркская. Это сразу выдаёт модель образования: фамилию дали по имени или прозвищу предка-мужчины, которого звали Иштуган.

Само имя Иштуган — сложное. Оно восходит к татарскому или башкирскому «иш» (друг, товарищ, помощник) и «туган» (рождённый, родной). Буквально — «рождённый другом» или «родной товарищ». В тюркской ономастике такие имена нередко давали с пожеланием, чтобы мальчик рос верным спутником, надёжным человеком для семьи и общины. Вторая часть «туган» встречается и в других фамилиях — например, Туганова, Туганов, где основа уже без первой части.

Географически фамилия Иштугановых привязана к Волго-Уральскому региону: Татарстан, Башкортостан, Оренбургская область. Встречается она и у башкир, и у татар, и у мишарей. При этом в русском контексте фамилия закрепилась с типичным русским окончанием -ов, что произошло при переходе в православие или при записи в метрических книгах — так тюркское имя «обрусело» грамматически.

Спорных версий у этой фамилии немного. Иногда пытаются вывести «Иштуган» от «ишту» (работа, дело) — но это натяжка: в тюркских языках «иш» означает именно «друг», а не «работа». Работа — это «эш» в другой огласовке. Поэтому версия с «другом» правдоподобнее.

В сословном плане носители фамилии — скорее всего, выходцы из крестьян или служилых татар (тептярей, башкир-вотчинников). Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано. Встречаемость фамилии невысокая, что говорит о её локальном бытовании: это не фамилия, размноженная крепостным правом, а скорее родовое прозвание, закреплённое за одной линией.