Фамилия Ишуев образована от тюркского имени Ишуй. В основе лежит древнее тюркское слово «иш» — «работа, дело, труд». Имя Ишуй, таким образом, означало «работящий», «деловой» или «товарищ по работе». Такие имена были распространены у народов Поволжья и Приуралья — у татар, башкир, чувашей. Фамилия Ишуев — русская по форме (суффикс -ев указывает на принадлежность: «чей?» — «сын Ишуя»), но по происхождению она восходит к тюркской среде.

В русском быту фамилия закрепилась, когда крещёные татары или чуваши получали фамилии по имени отца. Поскольку имя Ишуй — неканоническое (не из святцев), его носителями были люди, сохранявшие дохристианские или мусульманские традиции именования. В документах XVI–XVII веков встречаются служилые татары и новокрещены с таким именем, например, Ишуй Байгильдеев упоминается в переписи Казанского уезда.

Географически фамилия Ишуев сегодня сосредоточена в Татарстане, Башкортостане, а также в Оренбургской и Самарской областях. Встречается она и у русских, но редко. В отличие от фамилии Ишутин, где суффикс -ин указывает на краткую форму имени (Ишута), в Ишуеве основа полная — Ишуй. Это различие помогает понять, что предок носителя фамилии звался именно Ишуем, а не его уменьшительным вариантом.

Редкость фамилии (по данным современных справочников, в России живёт около 500–700 человек с такой фамилией) говорит о том, что она не прошла через массовое дворянское или купеческое закрепление. Скорее всего, Ишуевы — потомки крестьян или казаков из смешанных тюрко-славянских областей.