Фамилия Ишуина — женская форма фамилии Ишуин, и её происхождение напрямую связано с мужским личным именем или прозвищем Ишуя. Основа фамилии — краткая форма от канонического имени Иисус (в бытовом произношении на Руси — Исус или Исуш). Уменьшительно-ласкательный вариант Ишуй образовывали с помощью суффикса -уй, который в древнерусской антропонимии был характерен для неофициальных, домашних имён (сравните: Валуй от Валентин, Мануй от Мануил). Таким образом, Ишуин — буквально «сын Ишуя», «потомок того, кого звали Ишуй».

Суффикс -ин указывает на принадлежность: в русских фамилиях он типичен для основ, оканчивающихся на -а или -я. Ишуин — не исключение. Такая модель была особенно распространена в северных и центральных регионах России, где фамилии на -ин встречаются чаще, чем на юге и востоке. Если ваш предок носил фамилию Ишуин, скорее всего, он происходил из крестьянской или мещанской среды, где отчества и прозвища легко переходили в наследственные фамилии в XVII–XIX веках.

Редкость фамилии объясняется тем, что имя Иисус в быту использовали нечасто — из-за его сакрального статуса. Давали его обычно в семьях старообрядцев или в глухих деревнях, где церковные правила соблюдали нестрого. Встречается фамилия в основном в Поволжье и на Урале, что подтверждается данными современных телефонных справочников и архивов ЗАГС. В написании возможна путаница с фамилией Ишутина (от имени Ишута, с другим суффиксом), но это разные роды.

Однокоренные фамилии — Ишуков, Ишунин, Ишутин — все восходят к тому же корню Иш-, но различаются суффиксами. Если Ишуин — «чей?» (притяжательная форма), то Ишуков — «чей потомок?» (патроним на -ов). В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» эта модель упоминается в разделе фамилий от христианских имён, но без подробного разбора — настолько она редка.