Фамилия Искаков происходит от личного имени Искак — одной из тюркских форм библейского имени Ицхак (Исаак). В основе лежит древнееврейский корень, означающий «он будет смеяться» или «она засмеялась». Этот смысл отсылает к ветхозаветной истории: праматерь Сарра рассмеялась, услышав пророчество о рождении сына в глубокой старости, и Бог повелел назвать мальчика Исааком.

Имя Исаак — один из праотцов еврейского народа, но через тюркское посредничество (татарские, башкирские, казахские диалекты) форма «Искак» закрепилась у мусульманских народов. В русской среде имя переосмыслили по типичной модели: к основе Искак добавили патронимический суффикс -ов, который указывал на принадлежность роду. Изначально «Искаков» означало «сын Искака», то есть потомок человека по имени Искак.

С точки зрения словообразования фамилия относится к самой распространённой в России модели: тюркское имя + русский суффикс -ов. Встречаются варианты с суффиксом -ев (Искакев), но они редки и возникали из-за местных диалектных особенностей произношения.

Географически фамилия Искаков чаще всего встречается среди татар, башкир, казахов, а также в среде поволжских народов. В русских регионах она фиксируется реже и почти всегда указывает на тюркские корни предков. По социальному происхождению носители фамилии могли быть как крестьянами, так и служилыми людьми — в XVI–XVII веках многие тюркские роды принимали православие и входили в состав русского дворянства, но фамилия Искаков в массе осталась в среде мусульманского населения.

Спорных версий у фамилии немного. Иногда её пытаются связать с тюркским словом «искәк» (весло) или «искәкче» (гребец), но это маловероятно: имя Искак задокументировано в метрических книгах и переписях как самостоятельное, а прозвищное происхождение от орудия труда не подтверждается источниками. Правдоподобнее всего — именно вариант ветхозаветного имени, адаптированный тюркской языковой средой.