Фамилия Искакова происходит от мужского имени Искак — одной из народных, несколько искажённых форм библейского имени Ицхак, которое в русской традиции закрепилось как Исаак. В основе лежит древнееврейский корень со значением «он будет смеяться» или «она засмеялась» — это отсылка к библейскому сюжету, где Сарра, услышав предсказание о рождении сына в глубокой старости, рассмеялась. Так имя самого праотца еврейского народа стало именем нарицательным.

С точки зрения словообразования, фамилия Искакова — это типичная русская патронимическая модель с суффиксом -ов, указывающая на принадлежность: «чей?» — Искаков, то есть сын или потомок Искака. Женская форма Искакова образована по тому же принципу, что и у тысяч других русских фамилий, и означает «дочь или жена Искакова». Важно заметить, что сама основа «Искак» — не единичное искажение, а результат адаптации еврейского имени через тюркские или кавказские языки-посредники, где звук «ц» часто переходил в «с», а финаль «-ак» была привычнее уха носителя местных говоров.

Географически фамилия Искакова и её мужской вариант Искаков наиболее распространены среди народов Северного Кавказа, Поволжья и Средней Азии — регионов, где веками жили еврейские общины (горские евреи, бухарские евреи), а также среди принявших ислам народов, у которых имя Исаак (Исхак) входит в мусульманский именослов как пророк Исхак. Поэтому носителями фамилии могут быть как потомки еврейских семей, так и представители тюркских или кавказских народов, у которых имя Исхак/Искак давалось в честь библейско-коранического персонажа.

В отличие от многих фамилий, где суффикс -ов указывает на великорусское происхождение, здесь он наслоился на восточную по происхождению основу, что делает фамилию Искакова ярким примером межкультурного обмена: библейское имя, пройдя через тюркскую фонетику, получило русское фамильное оформление.