Фамилия Исмагамбетов напрямую указывает на имя предка — Исмагамбет. Это составное имя, и его разбор — ключ к пониманию фамилии. Первая часть восходит к древнееврейскому корню, знакомому по библейскому имени Исайя, и означает «с нами Бог». Вторая часть — Магамбет, казахская или башкирская народная форма имени Мухаммед, которое переводится с арабского как «хвалимый». Вместе имя Исмагамбет трактуется как «с нами посланник Бога — Мухаммед». Такая модель образования — сращение двух имён, где первое несёт сакральный смысл, а второе конкретизирует пророка, — встречается в тюрко-мусульманской среде, особенно у казахов, башкир и татар.

Фамилия оформлена по русской модели притяжательным суффиксом -ов: Исмагамбетов буквально значит «сын Исмагамбета». Это указывает на то, что фамилия фиксировалась в официальных документах Российской империи, где для тюркских имён требовался русский патронимический суффикс. Географически фамилия сосредоточена в Казахстане и Оренбургской области России, что неудивительно: имя Магамбет особенно популярно у казахов, а форма Исмагамбет встречается в родословных западного Казахстана.

В отличие от многих фамилий, у которых спорная или утраченная этимология, здесь всё прозрачно: основа — полное имя, а не прозвище или профессия. Единственный нюанс — ударение. В русском языке фамилию часто произносят с ударением на последний слог (Исмагамбетов), но в казахском языке имя Исмагамбет несёт ударение на второй слог. Потомок, носивший это имя, мог быть как простым скотоводом, так и уважаемым аксакалом — статус имени не даёт сословной привязки, но само имя явно религиозное, что говорит о набожности семьи, давшей его.