Фамилия Исонкина — женская форма, мужской вариант — Исонкин. В русской модели образования фамилий суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Исонкин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Исонка. Само прозвище Исонка — это уменьшительная форма от крестильного имени Иса (Исай, Исаия) или, что реже, от имени Иосиф. В разговорной речи XVI–XVII веков имена укорачивали и снабжали суффиксами субъективной оценки: Иса → Исоня, Исонка, где -к- означало не пренебрежение, а обиходную ласку.

Версия с основой «Иса» выглядит убедительнее, потому что имя Исай (древнееврейское «спасение Господне») было широко распространено среди крестьян и посадских, особенно в северных и центральных губерниях. В писцовых книгах и переписных листах XVII века встречаются Исонька, Исонка — именно в такой записи, без церковного полного имени. Фамилия Исонкин (и её женская форма) географически тяготеет к бывшим Владимирской, Костромской и Нижегородской губерниям — там чаще всего фиксируют носителей в XIX веке.

Словообразовательно фамилия проста: основа «Исон-» (от Исонка) плюс притяжательный суффикс «-ин». Ударение, скорее всего, падает на второй слог — Исо́нкина, хотя в диалектах возможен вариант И́сонкина. Спорных версий нет: корень не тюркский, не финно-угорский, а чисто русский, календарный. Если искать однокоренные фамилии, это Исаев, Исаков, Исакевич, Исонькин — все они восходят к тому же библейскому имени, но через разные суффиксальные формы.

Таким образом, предок носительницы фамилии Исонкина был, скорее всего, крестьянином или ремесленником, которого в быту звали Исонка, а в официальных документах записали по отчеству без фамилии. Фамилия закрепилась уже после отмены крепостного права, когда массово давали фамилии по имени отца или деда.