Фамилия Ихонкина — женская форма фамилии Ихонкин, которая образована от имени или прозвища Ихонка. Это уменьшительная форма от канонического крестильного имени Иона (древнееврейское «голубь») или от редкого имени Иоаким (еврейское «Яхве восставит»). В русской народной традиции имя Иона в бытовом произношении часто редуцировалось: ударный слог смещался, а безударный гласный выпадал, давая формы вроде Иха, Ихоня, Ихонка. Модель образования типична для северных и центральных областей России: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?» — сын Ихонки), а конечное -а в женском варианте закрепилось по грамматическому роду.

Особенность фамилии — сохранение начального И- в основе, что редкость для русских фамилий от библейских имен. Обычно имя Иона давало фамилии Ионов, Ионин, а форма Ихонкин — диалектная или просторечная, характерная для регионов, где «икали» (произносили [и] вместо [е] в безударной позиции) и смягчали согласные. Встречается она в основном в Поволжье и на Урале: по данным открытых источников, Ихонкины фиксируются в Кировской области, Пермском крае и Удмуртии. Это указывает на возможную связь с переселенцами из северных губерний, осваивавшими восточные земли в XVIII–XIX веках.

С точки зрения социальной истории, фамилия Ихонкин (и Ихонкина) недворянская. Суффикс -ин типичен для крестьянских и мещанских фамилий, образованных от уменьшительных форм имени. Предки носительницы фамилии, скорее всего, были государственными или помещичьими крестьянами, получившими фамилию по имени отца или деда при переписях. Полного ономастического разбора этой фамилии нет в основных словарях (Унбегаун, Никонов, Веселовский), но её структура полностью укладывается в модель, описанную для русских патронимических фамилий на -ин от нецерковных форм библейских имен.