Фамилия Ихонкин образована от имени или прозвища, и её модель указывает на довольно редкий случай в русской антропонимии. Суффикс -ин стандартно присоединяется к основам, оканчивающимся на -а или -я: отсюда многочисленные Пушкин, Кузьмин, Ильин. Но Ихонкин — не от «Ихонка» (такого имени нет), а от формы «Ихонька», где конечный мягкий знак перед суффиксом превратился в твёрдое -к-. Такое написание — результат исторического переоформления: исходное прозвище или уменьшительное имя звучало как Ихонька, а фамилию записали как Ихонькин, но со временем мягкость утратилась, и на письме закрепилось «Ихонкин».

В основе лежит имя Иха, которое в старину встречалось как самостоятельное или как сокращение от канонического Иоаким (Иаким, Яким). Иоаким — древнееврейского происхождения, означает «Бог воздвигнет». В русской народной среде имя давало целый ряд уменьшительных форм: Иха, Ишка, Ихим, Ихоня. От последнего (Ихоня) и пошла фамилия: Ихоня → Ихонька → Ихонькин → Ихонкин. Возможен и вариант, что Ихоня — прозвище от глагола «ихать» (в диалектах — кричать, аукать, звать), но это менее вероятно, так как прозвищ на -оня обычно образовывали от имён.

Фамилия редкая и географически привязана в основном к центральным и северным областям России, где сохранялись старые формы имён. В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) Ихонкин не упоминается, что говорит о её локальном бытовании. Сословно носители, скорее всего, крестьяне или посадские люди: в дворянских родословных эта фамилия не зафиксирована. Таким образом, предки Ихонкиных — люди, которых в быту звали Ихоня, а официально — по отцу, носившему это имя или прозвище.