Фамилия Ихонькин — редкий пример того, как церковное имя, пройдя через несколько ступеней народной переработки, превратилось в фамилию, почти утратившую связь с оригиналом. В её основе лежит каноническое имя Иоанн (в бытовом произношении Иван). Но путь был не прямым.

Сначала имя Иван в уменьшительно-ласкательной форме превратилось в Ихоня. Ударение в такой форме обычно падает на первый слог: Ихоня. Суффикс -оня (-оньк-) — характерный для северных и центральных русских говоров способ образования ласкательных имён (ср. Махоня от Матвей, Лёхоня от Алексей). Затем от прозвища или домашнего имени Ихоня через притяжательный суффикс -ин образовалась фамилия Ихонькин, буквально означавшая «чей?» — «сын Ихони», «человек из семьи Ихони».

Модель образования типична для русских фамилий, но редкость исходной формы делает Ихонькина заметным исключением. Если фамилии Иванов, Ивашкин, Ваньков встречаются повсеместно, то Ихонькин — локальный вариант, который мог закрепиться в одной местности, где форма Ихоня была особенно употребительна. В документах XVI–XVII веков, по данным С. Б. Веселовского, встречаются прозвища Ихоть, Ихоня, но как фамилия Ихонькин фиксируется редко — это говорит о том, что род мог быть немногочисленным или происходить из одной крестьянской общины.

Сословно фамилия почти наверняка крестьянская. Суффикс -ин в сочетании с просторечной основой — верный признак происхождения из среды, где именовали по отцу без отчества, используя обиходные, а не полные формы имени. Дворянские фамилии с таким корнем не зафиксированы. Таким образом, Ихонькин — не просто вариант фамилии Иванов, а свидетельство живого диалектного словообразования, сохранившего ту форму имени, которая в литературном языке не прижилась.