Фамилия Истеканов — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. В ней нет привычного славянского суффикса -ов, который чаще всего указывает на отчество от крестильного имени или прозвища. Здесь основа «Истекан» — это цельное слово, а суффикс -ов присоединился к нему уже в русской среде, когда фамилию адаптировали под стандартную модель.

Самая вероятная версия ведёт к тюркским корням. В языках тюркской группы (татарском, башкирском, казахском) есть слово «истек» или «истекан» — производное от глагола со значением «искать», «стремиться», «желать». В таком случае Истекан — это прозвище человека ищущего, настойчивого, целеустремлённого, возможно, того, кто много добивался в жизни. В некоторых диалектах «истекан» могло означать «проситель» или «ходатай» — так называли человека, который постоянно обращался с просьбами или был посредником в делах.

Менее распространённая, но имеющая право на существование версия — происхождение от арабского «истикан» (через тюркское посредничество), что связано с понятием «устойчивость», «стойкость». В этом случае фамилия могла закрепиться за родом, славившимся твёрдостью характера.

Географически фамилия Истеканов тяготеет к регионам Поволжья и Урала, где исторически жили татары и башкиры, а также к северо-западному Казахстану. В русских документах она могла появиться в XVIII–XIX веках, когда крестьянам и служилым людям из инородцев массово давали фамилии по отцу или прозвищу. Если предок носителя фамилии был татарином или башкиром, то его отца или его самого могли звать Истекан, а сын уже стал Истекановым.

Словообразовательно фамилия стоит в ряду таких же редких тюркско-русских гибридов, как Искаков, Истелеев, Истебаев. Объединяет их то, что корень — не имя, а прозвище или нарицательное слово, которое в русском языке потеряло первоначальный смысл и сохранилось только в фамилии.