Фамилия Исяняев — редкая, с прозрачной, но неочевидной для неспециалиста основой. Её ядро — личное имя Исяняй, которое в русской традиции адаптировали из тюркского языка, скорее всего, татарского или башкирского. Имя Исяняй — это сложное слово, где первая часть «ис-/ися-» восходит к древнетюркскому «исен» — «здоровый, благополучный» (сравните с татарским «исән»). Вторая часть «-няй» — уменьшительно-ласкательный аффикс, характерный для тюркской антропонимии. Таким образом, Исяняй можно перевести как «здоровячок» или «благополучный малыш». Имя давали с пожеланием крепкого здоровья и удачи.

Суффикс -ев указывает на русскую модель образования фамилий от отчества. Исяняев буквально означает «сын Исяняя». Такие фамилии массово закреплялись за крещёными татарами и другими тюркскими народами Поволжья и Приуралья в XVI–XIX веках, когда они переходили в православие и получали фамилии по отцу. В отличие от мордовских или марийских фамилий, где часто встречается суффикс -кин, здесь мы видим именно -ев, что типично для татарского ономастикона, адаптированного под русские патронимические нормы.

Географически фамилия Исяняев почти наверняка привязана к Оренбургской, Уфимской или Казанской губерниям — районам компактного проживания татар и башкир. Встречаемость фамилии крайне низкая, что говорит о её происхождении от единственного родового гнезда. Носители, вероятно, были государственными или ясачными крестьянами, реже — служилыми татарами, нёсшими сторожевую службу на юго-восточных рубежах России.

В написании возможна вариативность: Исеняев, Исяняев. Первый вариант мог бы указывать на более точную передачу тюркского «исен», но в русских метрических книгах чаще фиксировали через «я» — под влиянием акающего произношения, где «е» в безударном положении звучит как нечто среднее. Сравните с однокоренной фамилией Исянгулов, где корень тот же, а вторая часть — «-гул» (тюрк. «раб, слуга», часто в религиозном контексте). Исяняев же стоит особняком: в нём нет суффикса -гул или -бай, а есть ласкательная форма, что делает фамилию более «домашней», прозвищной по сути.