Фамилия Исютин — редкий случай, когда основа, скорее всего, не исконно русская, а тюркская, но оформлена она по классической русской модели. Если отбросить суффикс -ин (указывающий на принадлежность: «чей?» — сын Исюти), то в корне остаётся Исютя. Это, в свою очередь, уменьшительная форма от тюркского имени Исют (или Исет), которое восходит к арабскому «иса» (Иисус) в его восточной, нехристианской трактовке. У мусульманских народов имя Иса (Исус) почитается как имя одного из пророков, и его производные — Исют, Исет — встречались у татар, башкир и других тюркоязычных групп.

Вторая, менее распространённая версия, связывает фамилию с диалектным русским словом. В некоторых говорах «исюта» или «исюка» — прозвище плаксивого, капризного или изнеженного человека (от глагола «исюкать» — хныкать, ныть). Однако эта версия слабее: во-первых, таких прозвищ почти не сохранилось в документах, а во-вторых, фамилии на -ин от тюркских имён — массовое явление в Поволжье и Приуралье.

Словообразовательная модель проста: суффикс -ин, один из самых распространённых в русской антропонимии, присоединился к основе на -а (Исютя). Такие фамилии обычно указывали на прямого предка по мужской линии: Исютин — значит «сын Исюти». В данном случае предок, вероятно, носил тюркское имя Исют, а его потомки, переходя в русскую культуру или записываясь в православные метрики, получили фамилию по отцу.

Географически фамилия Исютин нечастотна. Её ядро — территории бывшего Казанского ханства и южное Приуралье: Татарстан, Башкортостан, Оренбургская область. Встречается она и у русских, и у крещёных татар, и у мордвы-эрзи, что говорит о межэтническом бытовании. В центральной России Исютины — редкость, и их появление там, скорее всего, связано с миграциями XIX–XX веков.

В дореволюционных списках фамилия почти не фигурирует среди дворянства или купечества. Скорее всего, Исютины — выходцы из крестьян или мещан, а сама фамилия сформировалась в среде, где тюркские имена были обыденностью, но к концу XIX века уже воспринимались как исконно русские.