Фамилия Иванюхин образована от имени Иван с помощью суффикса -юх-, который в русской ономастике имеет уменьшительно-пренебрежительный оттенок. В отличие от нейтральных Иванов, Ивашин или Иванищев, форма Иванюха — это скорее уличное или бытовое прозвище, которым в деревне могли называть человека по имени, но с оттенком фамильярности или шутки. Суффикс -юх- в русских фамилиях встречается реже, чем -ов или -ин, и чаще всего фиксируется в северорусских и центральных говорах, где такие формы были живыми вплоть до XIX века.

Основа фамилии — каноническое имя Иван, которое вплоть до XX века оставалось самым распространённым мужским именем у русских. От него образованы сотни фамилий, но Иванюхин выделяется тем, что прямо указывает на конкретную диалектную форму. Если Иванюк или Иванюта чаще встречаются на западе и юге России, то Иванюха — форма, характерная для Владимирской, Костромской, Ярославской областей. В писцовых книгах XVII века встречаются упоминания крестьян с прозвищем Иванюха, например, в Переславле-Залесском и окрестностях Суздаля.

Фамилия Иванюхин закрепилась в патронимической форме — как «сын Иванюхи». Притяжательный суффикс -ин указывает на принадлежность: чей? — Иванюхин. Это типичная модель для русских фамилий, образованных от имён и прозвищ, оканчивающихся на -а, -я. Сословно фамилия не аристократическая: в дворянских родословных книгах она не встречается, а в ревизских сказках XIX века Иванюхины числятся в основном среди государственных крестьян и мещан центральных губерний.

Интересно, что фамилия почти не имеет вариантов написания: Иванюхин пишется через Ю, а не через У (Иванухин встречается, но реже и может указывать на другой диалектный вариант — с суффиксом -ух-). В некоторых записях XVIII века можно встретить форму Иванюхин с одной «н», но это, скорее всего, ошибка писаря. Сегодня фамилия довольно редкая: по данным переписи, её носит около двух-трёх тысяч человек в России, преимущественно в Ивановской, Владимирской и Нижегородской областях.